Забыл, как это называется. Было такое в Windows 7, видимо для поддержки работы старых программ, которые писали какие-то файлы в Program Files. Программа пишет и читает в и из например директории в Program Files. А Винда подменяет, пишет при этом на самом деле в другую директорию и читает из неё, в такую, куда обычном пользователю разрешено писать.
Это вот оно, если не ошибаюсь.

Я никаких советов не давал, описал, что может происходить. Про это же самое написано по ссылке Gunsmoker. Только я ошибся, это появилось не в семерке, а в Висте.
Я вообще сторонник того, чтобы в своем приложении писать в папку пользователя, в директории, которые рекомендует MS. Ну и в реестр, то, что удобно хранить в реестре.
А из старого софта, который писал в свою папку, пользовался как минимум одной такой программулиной, просто ставил её в D:\ПапкаПрограммы, чтобы не натыкаться на проблемы. Да, было, что и права на подпапку в Program Files давал обычному пользователю для какой-то программы.
p.s. Один раз, когда не знал про эту виртуализацию, вообще офигевал, какая-то локальная бд вроде была. Программа работает, в программе видно, что данные записываются, меняются, а файл бд в соотв. директории не меняется. Потом узнал про это перенаправление.