Damir_85Если основная цель это оценка скорости фрагмента кода или программы, то в принципе по двум значениям (пусть даже они точно и не указывают время , затраченное на алгоритм) двух алгоритмов уже можно понять разницу в их скорости.

если нужно оценить и сравнить скорость разных фрагментов, то не обязательно вообще привязываться к секундам, это инерция мышления.

скорость выполнения можно мерять в любых условных единицах, хоть попугаях, хоть утконосах, лишь бы потом их можно было сравнить.

поэтому я бы вообще выкинул QueryPerformanceFrequency и брал бы значения счётчиков в чистом виде.
А уж чего они там себе считают - это implementaiton details и нам не ведомо и не интересно, чтобы сравнивать два числа это не нужно.

правда, прыжки между ядрами и тут могут малину испортить, но дибо SetThreadAffinity либо ещё что-нибудь вроде той AMDшной утилиты