Из знакомых CASE-средств генерить скрипт на синхронизацию модели (полученную через Reverse Engineering из новой БД) и БД умеют и CA ERwin и Sybase PowerDesigner. Первый ИМХО с этим справляется нагляднее, в нем именно эта операция хорошо проработана. Но:
- это сторонние к Oracle продукты, поэтому с некоторыми особенностями и расширениями конкретно взятой БД они незнакомы.
- достаточно большую часть скриптов на изменение БД выполняют нерационально, исходя из первого замечания, а также по объективным причинам, от самого CASE-средства независящих.

Oracle Designer, думаю,тоже справится с подобной задачей. Я просто с ним незнаком. Но в любом случае все нагенерированные скрипты ИМХО следует рассматривать как "рыбу" и доводить собственноручно.