Я, как бы, в какой-то степени бухгалтер, и пытаюсь понять, в чем могут в принципе возникать сложности с отражением в бухучете.

1. Проблема может оказаться не в том, что отразить в принципе невозможно, а в том, отражение в бухгалтерском и налоговом учете стоимости расходов на разработку ПО должна происходить не тогда, когда продукт уже разработан, а тогда, когда только принято решение начать его разработку. В этом случае руководство организации должно было издать приказ о том, что организация включает в работу новый вид деятельности, обозначив в нем ресурсы, которые на него должны использоваться. Работа программистов, амортизация вычислительной техники, стоимость аренды помещения, в котором находятся программисты и компьютеры, стоимость электроэнергии и иные расходы, которые имеют отношение к виду деятельности "разработка ПО на продажу", должны были выделяться в отдельную категорию расходов и учитываться обособленно от иных расходов на протяжении многих месяцев и кварталов, за которые уже сдана отчетность. В частности, такие расходы нельзя было принимать в состав расходов в налоговом учете до тех пор, пока не появится выручка по виду деятельности "продажа ПО на продажу". А их, скорее всего, приняли в состав расходов, уменьшив налог на прибыль (либо УСН 15%, не знаю, что там у вас). Даже если бухгалтерия задним числом всё переделает, вы, как минимум, должны будете уплатить пени по налогам, которые не были уплачены вовремя. Если же выручка от вида деятельности "разработка ПО на продажу" не превысит расходов, выделенных на данный вид деятельности, то у вас образуется локальный убыток по данному виду деятельности, который не должен уменьшать налог на прибыль. А это означает, что помимо пеней по налогу на прибыль вам необходимо уплатить еще и недоимку по этому налогу (или по УСН 15%).

2. На первый взгляд кажется, что всё описанное в п.1 можно, при желании, сделать задним числом, сдать скорректированные формы отчетности по уже прошедшим и закрытым периодам. Однако... Перед тем как начинать деятельность "разработка ПО на продажу", необходимо чтобы данный вид деятельности был зарегистрирован как уставный вид деятельности. То есть, в выписке из ЕГРЮЛ он должен иметься в качестве соответствующего кода ОКВЭД. В отделении ФСС необходимо зарегистрировать соответствующий вид деятельности и подтвердить ставку страховых взносов под этот вид деятельности от несчастных случаев и профзаболеваний. В Уставе, если ранее такого вида деятельности в нем заявлено не было, требуется внести изменения в Устав, и эти изменения зарегистрировать в ИФНС. Понятно, что задним числом всё это сделать не получится.

В принципе, можно, начиная с "сегодняшнего дня" зарегистрировать соответствующий вид деятельности во всех структурах, собрать некоторую часть расходов за некоторый период, чтобы сформировать в бухучете себестоимость разработанного программного продукта, и в будущем заниматься его продажей. Однако, заниматься этим имеет смысл только в том случае, если эта деятельность действительно приносит ощутимый доход. И, естественно, нужно просчитать, какой именно это доход, чтобы налоги не выросли ощутимо. И чтобы трудоемкость ведения бухгалтерского и налогового учета, которая однозначно возрастет, была скомпенсирована этими доходами. Или, в двух словах, чтобы "овчинка стоила выделки".

kdvp.s. риторическое
>В частности, такие расходы нельзя было принимать в состав
>расходов в налоговом учете до тех пор, пока не появится выручка по виду деятельности "продажа ПО на продажу".

Как я "люблю" бухгалтерию. :-) То есть, я не могу на свои деньги купить лопату, выкопать яму, а чтобы заплатили мне за это потом?Купить можете, и выкопать яму можете. Однако, если у вас имеется убыток, вы не можете требовать, чтобы государство заплатило налог (со знаком минус) вам. По этой же причине убыток от одного вида деятельности не уменьшает налог на прибыль по другому виду деятельности, если по одному виду деятельности возник убыток, а по другому прибыль.