Лучше всего не трудовой договор, а ГПХ. ПМСМ, вполне возможно сделать из него микс договора ГПХ и лицензионного. Для этого нужно оговорить, что обладателем исключительных прав на продукт остается исполнитель, который предоставляет право пользования (не исключительное право) на период действия данного договора. Отдельно озвучить, что сервисное обслуживание осуществляется обладателем исключительного права, и осуществляться иными лицами не может. Также озвучить, что плата за пользование продуктом взимается обладателем исключительного права совместно с оплатой за его сервисное обслуживание и в совокупности составляет столько-то.
Для того, чтобы противоположная сторона не вставала на дыбы, должно быть четко оговорено, что именно входит в состав сервисного обслуживания, каковы параметры качества обслуживания и какова ответственность лица, предоставляющего это самое сервисное обслуживание за недостаточно своевременное и качественное сервисное обслуживание. ПМСМ, это важное условие для того, чтобы у противоположной стороны имелась мотивация для подписания такого договора. Иначе характер "сервисного обслуживания" может выглядеть как "получение оплаты" лицом, которое не несет никакой ответственности и не обязано вообще ничего делать.

kdvлиц. договор передает права на ПО, на определенный срок, не менее 5-ти лет Откуда такое условие? Насколько мне известно, на любой срок, хоть на один день, хоть на 5 минут. Обладатель исключительного права может разрешить попользоваться продуктом, исключительным правом на которое он обладает, кому угодно и на каких угодно условиях и на какой угодно период.
Я подозреваю, что информация из ГК РФ как-то не так отложилась в памяти - она оговаривает срок передачи права по умолчанию (то есть, если в договоре он НЕ оговорен):
статья 1233 ГК РФПри отсутствии в заявлении правообладателя указания на срок считается, что указанный срок составляет пять лет.
статья 1235 ГК РФ4. Срок, на который заключается лицензионный договор, не может превышать срок действия исключительного права на результат интеллектуальной деятельности или на средство индивидуализации.

В случае, когда в лицензионном договоре срок его действия не определен, договор считается заключенным на пять лет, если настоящим Кодексом не предусмотрено иное.


kdvВо-вторых, привязывать использование ПО к его обновлениям нехорошо. Есть масса контор, которым плевать на обновления.Я не знаю, что подразумевается под "сервисным обслуживанием", в общем, это может быть не только обновление. ПМСМ, это вопрос сторон, что их устраивает и чего они хотят. Некоторые хотят гарантий, что баги, буде они выявлены, были бы быстро устранены.

kdvВ третьих, лиц. договор не облагается НДС, а всякие трудовые и прочее - облагаются всеми налогами.Физлица не являются плательщиками НДС. ИП на УСН, ЕНВД и даже на ОСН - тоже. Так что в этом плане я не вижу никаких проблем. Когда миксование происходит для юрика на ОСН, являющегося плательщиком НДС, согласен, тут получается фигня. Тогда я бы разбил плату на две компоненты, явно указав стоимость лицензионных платежей и отдельно стоимость обслуживания. И строчку "Итого"... В счетах-фактурах и в УПД можно есть возможность указывать строчки с разными ставками НДС.