AndrewVLПоявилась необходимость один из модулей выделить в отдельное приложение .
Эта фраза нуждается в уточнении. Её можно понимать и как "необходимо спрятать лишние пункты в главном меню" и как "необходимо создать новое приложение с похожим функционалом, которое дальше будет независимо развиваться" и уймой других способов.

AndrewVLЕсли уж совсем грубо - договор- счет- счет фактура - накладная- платежка.
Скажу так, я вижу два основных подхода, оба из которых применял в подходящих для них ситуациях.

Первый подход - это делается седьмой модуль, условно говоря "платёжка-2". В интерфейсе даётся доступ только к нему, форма ввода делается наследованием от формы "платёжки" с внесением необходимых изменений, серверный код этой платёжки-2 занимается в том числе заполнением таблиц накладных, счетов и прочего. Что получается таким образом: для всей ранее реализованной бизнес-логики этот модуль прозрачен, переключение на него или с него делается хоть на уровне изменения настроек администратором, при необходимости можно легко дать доступ "просмотреть сгенерированные накладные" итп.

Второй подход - каждый модуль оформляется как существенно обособленный, по сути плагин, как в клиенте, так и в БД. Модули не взаимодействуют непосредственно между собой, всё взаимодействие делается через механизмы ядра. Это обвешивается некоторым количеством настроек, например в модуле платёжек делается настройка "требует выбора накладной / не требует / не даёт выбирать накладные", в модуле накладных делается настройка "подписаться на создание платёжек и автогенерить накладную" итп.