trapitsyn1. Как обеспечить передачу данных из одной БД в другую? т.е. какой формат передачи данных наиболее рационален? Есть ли унифицированный подход к этому процессу?
Существует полно готовых решений для любой ценовой категории. Можно считать их унифицированным подходом.

Формат передачи в данном конкретном случае малосущественен. Точнее, поскольку объемы невелики, вопрос только и исключительно в удобстве использования конкретного формата там, где вы собрались что-то вручную кодировать.

trapitsyn2. Возможно ли в этой ситуации предусмотреть возможность отката обновлений в "подчиненных" БД, в случае возникновения ошибок?
Либо не понял вопроса, либо он бессмысленен. Что Вы называете "предусмотреть возможность отката"? Имеете в виду, что в случае проблемы на вторичной базе введенная запись должна удаляться с основной? Нет, такого явно не стоит делать.

В этой ситуации можно и нужно предусмотреть возможность ошибок при накате обновлений. О чем сделать внятную диагностику и оперативное оповещение, которое позволит администратору быстро разрулить ситуацию. От инструмента также может потребоваться некоторое количество "операций для этого случая", скажем "приостановить прием данных на время разбирательства" или "повторить обновление".