СисойОрганизация А передает организации Б исключительные права на программу для ЭВМ "Ку-ку".
1. Какие материалы должна передать организация А (исходные тексты, документацию?)


Как договоритесь. Как минимум наверное нужен код самой программы и эксплуатационная документация. Исходники это уже опция, так же как и проектная документация, протоколы технических совещаний, автотесты, заметки на туалетной бумаге и т.д.

Вообще говоря, если вы изначально не выдвигали требования к исходникам, то исходник может оказаться не более понятным, чем бинарный код.

Если вы собираетесь развивать программу, то стоит задуматься о приобритении всего подразделения, которое занималось её разработкой и поддержкой.


Сисой2. Является ли нормальным такое положение вещей, при котором для корректной работы программы "Ку-ку" организация Б должна еще купить (или арендовать) у организации А среду исполнения макроязыка Ку-Ку с аппаратной защитой?

Абсолютно нормально. Я покупаю программу автоматизированной системы у правообладателя, но для её работы требуется программое и аппаратное обеспечение третьих фирм, например операционные системы, СУБД, оборудование и т.д., которые к поставщику самой программы не имеют отношения.
Опять же, комплекс может быть разделён на части и продаваться частями.