Вопрос действительно широкий.
Я как-то хотел сделать такую штуку.
таблицы
1. "Штатное Расписание" - сами клетки (наименование и т.п.)
2. "Подчинение" - описание дерева из 1. только с условием на дату (у нас подразделения могут переезжать на другую ветку, а историю надо хранить), + еще хранится кол-во раб.мест (ставок).
3. документ, который этим всем рулит. Провели документ - получили новую штатку.

Остальное можно додумать по своим потребностям

Ну на самом деле фактически, при переносе подразделения, его ID не изменяется, соответственно все сотрудники остаются в нём. Просто путь до корня меняется - достаточно распечатать дополнение к трудовому договору. как у нас и делается.

Именно про это "версионность" я и говорю. Просто я рос на 1С ;), по этому назвал бы "Периодическое подчинение".
Грубо так:

"ШтатныеКлетки" - таблица с клетками одноуровневая, безродителей и т.п.
"Иерархия" - таблица с такими полями:
Ид - сурогатный Ид.
ИдИзменившая - ссылка на себя, заносится ИД записи, в результате которой эта поменялась.
ПометкаУдаления - ну это понятно.
ИдДокумента - ссылается на документ виновник.
ИдКлетки - ссылается на "ШтатныеКлетки"
ИдРодителя - ссылается на неё же.
ДатаНачала и ДатаОкончания.

Принцып работы простой.
1. Вставка новой записи:
- вставляем запись, запоминаем её Ид;
- проверяем перекрытие периодов ДатаНачала и Окончания с уже имеющимися записями и таким же полем ИдКлетки (ибо нельзя допустить, чтобы Клетка была одновеременно в нескольких подчинениях). Если есть перекрытия, то апдейтим имеющиеся записи - ставим пометку удаления и ИдИзменившей. Вставляем вместо них новые записи с подправленым периодом и тем же ИдИзменившей;
2. Удаление записи (при отмене проведения документа):
- все записи, у которых ИдИзменившей = Удаляемый ИД и ПометкаУдаления = 1, снимаем пометку удаления;
- все записи, у которых ИдИзменившей = Удаляемый ИД и ПометкаУдаления = 0, удаляем;
- удаляем саму удаляемую запись.

Вот вкратце. Так я у себя и спроектировал.