Проц я бы взял с шиной 1333, а не 1066. Винты тоже лучше быстрые, на медленных не айс будет, ну и рэйд-контроллер для жестких дисков надо подбирать, если будет штук 6 сасовских, то двухпортовый контроллер с энергонезависимой памятью от 512МБ

авторИмеет ли сильное значение в данном случае менять процессор на вариант с 1366 шиной?
По шустрее с памятью то работать будет, база то закэшируется..
автора вам обязательно двухсокетный сервер?
На Xeon E-3 ограничение RAM 32ГБ, то есть база не вся влезет в кэш.
Но в принципе, есть односокетные на Xeon E-5

авторКроме того у Xeon E3 только два канала памяти. Xeon-ы E5 есть с 3 каналами памяти а есть с 4.
А есть примеры Xeon E5 с 3 каналами памяти? А то я навскидку их не припомнил..
авторМогли бы вы объяснить или где можно прочитать про разницу в сокетах (1, 2)?
А что конкретно интересует?

авторТот что ТС выбрал например...
Спс, даже не знал..) Вот же говно выпускают)
авторОн таки норм или нет?)
А напуркуа он? Я бы не взял)

авторно в бюджет с ними не влезаем (
А каков бюджет? Цифры нужны) А предложения можно и дать по ним)
Проц Xeon E5-2403v2 (что Вы выбрали) "ограничен" по памяти - 1066МГц, так и берите ее, зачем брать более дорогую 1600МГц?
авторКонтроллер - встроенный.
SATA 2.0 3Gb/s with RAID 0, 1, 5, 10 (4+4 порта)
Уточните заранее, в некоторых случаях набортные чипсеты требуют отдельной активации (ключа) для массивов типа 5 и 6-го уровней (а то придется потом опять деньги выбивать).
Хотя под СУБД обычно 10 рэйд делают.
Если будете брать ИНтел в рассыпную, заранее посмотрите (или уточните у поставщика): с какой ревизией БИОСа будет материнка и с какой она поддерживает процы v2, т.к. нередки случаи, когда материнка идет со старой ревизией и не понимает процы v2 (не стартует), нужно искать процы старые, а затем перешивать, не все поставщики шьют сами или дают проц для перешивки.
авторЖесткий диск 1Tb Western Digital WD1000DHTZ VelociRaptor SATA III <10000rpm, 64Mb> - 4 шт.
Вопрос, конечно, непростой, но я бы скорее всего взял винты NL-SATA пусть и 7.2к, но с более лучшей логикой и коррекцией ошибок, а на сэкономленные деньги взял бы дискретный рэйд-контроллер с энергозащищенным кэшем, а по производительности было бы даже лучше..Хотя тут можно и поспорить)

автор2x8Gb ECC Reg Dual Rank (pc-12800) 1600MHz)
Проц все равно ограничен по памяти не более 1066, так что и память берите или 1066 или 1333, что дешевле.
авторСмущает только, что контроллер встроенный. На дискретный - совсем мало денег остается...
Если потом все равно будете расширять, то потом и докупите и контроллер.
авторAdaptec ASA-6405H 2278000-R PCI-E x4, 4-port-int SAS / SATA, до 128 уст-в ~ 6000 руб. (4 порта - т.е. 8 дисков не поставить?)
или
Adaptec RAID 6805E ASR-6805E KIT PCI-E x4, 8-port SAS / SATA, RAID 0 / 1 / 1E / 10 / JBOD, Cache 128Mb - 10000 руб.?
Если всего на 4 порта, то нужны будут экспандерные корзины, но не все контроллеры умеет с ними работать - Адаптеки Е-серии вроде с ними не работали, надо глянуть спеки. Можно LSI посмотреть, он подешевле Адаптека, но и поддержка чуть похуже.
В принципе, в 100К можно и впихнуть вендора типа IBM с 3-х летней гарантией, а не самосбор)

Пиши в личку, контакты в профиле.