Gennadiy83Объясните, пожалуйста, следующий момент: ищу договор с наименованием "Основной договор" (у некоторых контрагентов договора не отмечены как основные, поэтому предусматриваю и поиск по наименованию). Поиск провожу следующим образом:

ДоговорСсылка = Справочники.ДоговорыКонтрагентов.НайтиПоНаименованию("Основной", Ложь, ,Контрагент_1С);

где Контрагент_1С - ссылка на контрагента (100% контрагент тот который нужен), Ложь - неполное совпадение при поиске.
Не стоит также забывать что для документов определенных видов при выборе накладывается ограничение на тип договора: с покупателем, с поставщиком, прочий.
А вообще поиск по наименованию Основной договор это неправильно, потому что наименование может быть изменено и тогда поиск перестанет работать.
Рекомендуется разработать регламент для заполнения полей реквизитов для таких договоров и делать поиск не по наименованию, а по наличию в каком либо поле подстроки с заданным значением.
Можно использовать для этих целей поля: Номер или Комментарий (опять же не забыть обязать использовать регламент в заполнении таких полей)
Если у вас конфигурация в которой можно задавать свойства (в БП 2.0 наконец появилось нечто подобное - дополнительные реквизиты) УПП, КА или УТ то можно обязать заполнять значение специально для этих целей заданного свойства и выполнять поиск договоров по нему.