Старый формат / Новый формат - это смотря как смотреть, какой из них старый, а какой новый.
Изначально в 1С 8 у ЖР был последовательный формат (lgf).
Потом (с 8.3.5 по 8.3.11) начал использоваться в формате SQLite (lgd).
Начиная с 8.3.12 и старше вернулись к lgf и сейчас (с 8.3.12 и выше) "по умолчанию" ЖР создается именно в lgf.
При необходимости можно конвертировать lgf в lgd и обратно.
lgf имхо удобнее, т.к. позволяет настроить автоматическую "нарезку" файла с периодичностью от часа до года, что удобно, если ЖР пухнет