Багер,
Думаю у всех разного рода проблемы возникают при переносе/апгрейде. У меня при загрузке проблема была, такая что вылетала ошибка, что у некого документа дата не установлена и не выгружались/заргужались данные. Я решил, что методом тыка искать бесполезно. Взял закидал все в нужной последовательности в обработку, вырезал нужные алгоритмы, подправил их И врубил в отладочном режиме. В одном запросе в алгоритме выгрузке остатков по 19 там не выгружались организации из-за не установленной галки. В итоге получилось что не выгружались остатки из-за того, что галка в учетных политиках не стояла "УпрощенныйНДС". Поставил галку и все выгрузилось.

Это не решение вашей проблемы, а может быть путь ее локализовать. Я еще не умею полностью ее использовать, но вообще там возможностей по отладке очень много, нужно просто привыкнуть и научиться ими пользоваться. Я еще не успел :(