Тоже думал об этом. И вот че наработал:

1) Дубликаты организаций четко убиваются проверкой уникальности ИНН. Сам ИНН можно проверять на длину и прочие признаки вменяемости.

2) ФИО... тут несколько вариантов. Если однозначная идентификация имеет знаяение в данном виде расчетов (отношений с организацией), то значит и за пределами компьтерной программы проблема идентификации физического лица решена тем или иным способом. Заводится ли лицевой счет, номер договора ли (как в Банках), используются ли иные характеристики - финансовая дисциплина уже об этом позаботилась и постановщику задачи разрабатывающему соответсвующий "справочник" нужно только увидеть или узнать или подойти и спросить. Потом названные ему ключевые параметры ввести справочник и обеспечить по ним контроль уникальности и поиск.

3) Номенклатура. Вот это трудно.
У нас в конторе целая "капец какая процедура" по централизованному ведению справочника номенклатуры. И ужас что творится. Номенклатура - это проблема. Начиная с того, что один и тот же предмет можно именовать по разному.
Даже предложить что то трудно.

А с другой строны "Домик" для кошки и "Домик" для директора , а также "Стул" и "Стул" несмотря на похожесть названий могут иметь астронамически далекую стоимость и прочие характеристики и, таким образом, слова, название могут не иметь никакого значения вообще!

Мог бы помочь семантический классификатор. Знаете игрушка такая есть. Маленькая такая штучка размером с тамагочи. Задает вопросы. И через 10 вопросов отгадывает слово:
- это железное?
- это тяжолое?
- это ездит?
- это ТАНК?
ДА!

таким образом понятие в справочнике - это суть координата в n-мерном пространстве характеристик. Характеристики привязаны к бизнес процессам итаким образом защищают от хулиганства.

А вообще, для всех случае еще хорошо правило: прикосновение к справочнику имеет только тот человек, кторый заводит в него понятия и который имеет на это право и должен это делать в силу места которой он занимет в маршруте бизнес-процесса. Как правило, фактически, на проактике - т.е. в настоящей жизни,а не в программе - мест возникновения понятий в учетной системе - раз два и обчелся.
В случае с номенклатором - это место человека, который даже не ведет приемку товара, а который делает заказ и планирует закупку .
И дальше делается интересный ход. Все другие бухгалтера уже не имею достпак справочнику вообще ! Они не видят такой сущности как справочник и не могут из него выбирать данные или названия когда формируют строчки в документах.
Бухгалтер осуществляющий приемку товара, который поступил в соответствие с заказом - видит строчки заказа и проставляет соответствие ИМ а не записям справочника. Бухгалтер, который СПИСЫВАЕТ товар видит только ОТСТАТКИ и выбирает информацию из них. И т.д.

В случае ФИО - это место первого контакта с новым человеком. В дальнейшем все работают с сущностной единицей определяющей уже оформленные отношения с человеком (персоной, как в инглише) - договором, лицевым счетом, карточкой и прочее - даже уже не имея доступа к ПОНЯТИЮ "справочник".