Первое - не использовать FAT :)
Второе - хотя бы иногда проводить обслуживание системы (а железа - в особенности).
Третье - не хранить собственные исходники разных направлений (программы, скрипты, офисные документы) в одной куче. И тем более - на одном диске с системой.
Сохранение же кода (с контролем целостности), возможно, с контролем версий - перед запуском разрабатываемой программы - это вообще не обсуждается.

Ну а при обнаружении таких проблем (пропадание важной инфы на разделе, в результате "работы" разных утилит) в будущем - первое правило: прекратить любую работу с этим разделом (а желательно - вообще с диском, содержащим раздел). И восстановление любой инфы принято проводить, предварительно сделав посекторный бэкап раздела...

Дмитрий77,

- То, что "не в системных папках" - это понятно :) Но суть совета была в том, что дефотлно поставленная ОС активно пользует запись на раздел, содержащий каталоги пользователей и своп. И вероятность сбоев на таком разделе достаточно высока, в особенности под FAT(32). Что же касается "не хочу менять окружение" - откройте для себя симлинки.
- Бэкап - он разный бывает :) Не путайте то, что относится к "бэкапу системы" с общепринятой привычкой давить Ctrl+S перед запуском проекта, или какой-либо другой сторонней задачи - во время разработки. Потому что IDE (да и многие программы-редакторы) большинство изменений в процессе работы хранят в памяти, и на диск попросту не сбрасывают. Поэтому при проблемах (с ОС или питанием, т.е. сбросив ОЗУ) всё развеется, как с яблонь дым. И чекдиск тут - дело десятое, он мог быть вообще ни при чём, и лечил позавчерашние сбои...
- То, что вы утверждаете, что "проект был сохранен" - ещё не означает, что он именно у вас и именно при том состоянии ФС, он был сохранен правильно. Проблемы файловой системы могли возникнуть задолго до сбоя (журналы системы вы, конечно же, посмотреть забыли?). И "потерять" файлы вы могли даже при полностью закрытых проектах - уж таковы особенности нежурналируемых ФС. То, что звезды легли именно так - один из случаев, корни проблемы всё же в FAT и необслуживании системы... И если относиться к разделам как к файло помойке - то и помойка вам ответит тем же
P.S. Так и не понял сути присутствия в вашем посте слов "антивирус" и "хакер" - какое отношение они имеют к данным проблемам?