с многопоточностью в VB всегда было плоховато, мягко говоря.
если приложение не выгружается, то что-то явно остается в памяти - либо форма, либо два взаимноссылающихся объекта.

С формами решить просто - после того, как все вроде бы как закрыто, в VB нажимаем кнопку Pause и в Immediate окне пишем что-то вроде

?Forms.Count

а вот с другими объектами - не знаю, у меня пока один способ: искать-непереискать глазками в коде...