Ну так тогда напишите свое приложение как надстройку над запуском. То есть сначала выясняете, что именно, а потом - запускаете приложение с параметрами... А пользователи - запускают именно вашу надстройку. И она может быть реализована на чём угодно - от win/bash-скриптов до исполняемых файлов той среды, в которой вы привыкли работать.
Другое дело, если надо вмешаться не только "в процесс запуска", но и что-то модифицировать - тут уж ваша постановка задачи ни о чём не говорит, надо подробнее...