Public AppMessages() As MyMessage
'========
  'инициализация массива сообщений в трей
  ReDim AppMessages(0 To 0) 'очистка-0-й элемент не используется
'========

Public Sub AddTrayMessageToQueue(new_message As MyMessage)
  'добавление сообщения в конец массива
  ReDim Preserve AppMessages(0 To UBound(AppMessages) + 1)
  AppMessages(UBound(AppMessages)) = new_message
  
  'вывод в трей сообщения, если нет текущего активного
  If UBound(AppMessages) = 1 Then 'кроме добавленного сообщения ничего нет
    'показать в трей AppMessages(1)
    ShowTrayNotification AppMessages(1)
  End If
End Sub

Public Sub RemoveTrayMessageFromQueue(need_action As Boolean)
  'если пользователь кликнул на Notification, то производятся действия согласно сообщению
  'NIN_BALLOONUSERCLICK
  If need_action Then
    With AppMessages(1)
      'выполнение команд
    End With
  End If
  'если оно закрылось по таймауту, было закрыто крестиком либо из кода приложения, то ничего не делаем
  'NIN_BALLOONTIMEOUT либо NIN_BALLOONHIDE
  
  'удаляем сообщение из очереди сдвигом элементов массива на единицу и удалением крайнего элемента
  'сдвиг на единицу если оно не единственное
  If UBound(AppMessages) > 1 Then '0-не используется, 1-удаляемое, 2-следующее и т.д.
    Dim i As Long
    For i = 1 To UBound(AppMessages) - 1
       AppMessages(i) = AppMessages(i + 1)
    Next
  End If
  
  'удаляем старший элемента массива
  ReDim Preserve AppMessages(0 To UBound(AppMessages) - 1)
  
  'если в очереди остались сообщения, то выводим первое из них в трей
  If UBound(AppMessages) > 0 Then
    'показать в трей AppMessages(1)
    ShowTrayNotification AppMessages(1)
  End If
End Sub

'========

    Case WM_MySysTrayNotify 'уведомления Tray -вместо WM_MOUSEMOVE
...
        Case NIN_BALLOONUSERCLICK 'пользователь кликнул по Notification
          RemoveTrayMessageFromQueue True
        Case NIN_BALLOONTIMEOUT 'пользователь закрыл Notification крестиком либо выход по таймауту
          RemoveTrayMessageFromQueue False
        Case NIN_BALLOONHIDE 'от приложения поступила команда убрать Notification
          RemoveTrayMessageFromQueue False