Похоже я сегодня торможу, но...
Есть PropertiesConfiguration, XMLConfiguration, и DatabaseConfiguration. В первых двух есть метот save(), которым, собственно, они и сохраняются. В последнем - нема (надо понимать записи добавляются в момент добавления пропертей). Идеологически оно может и верно, но блин, как-то неудобно. Неужели трудно было вынести save() в базовый класс, чтоб его можно было дергать во всех потомках? Сижу вот теперь и думаю, то ли во всей программе жестко зашиваться на XMLConfiguration, то ли писать свой собственный класс-обертку вокруг этого добра. :( Может кто подскажет третий путь?