зачем обязательно советы, взять какую хочешь и использовать. Конкретно, из обычных Firebird - база в одном файле, есть вариант embedded (встроенная) - для вызова только с локального компьютера (встраивается в программу на C++, и из Java вызывается обычным способом через JDBC). JDBC драйвер естественно бесплатный, хотя его качество мне неизвестно.
Ещё вариант - СУБД, запрограммированная на Java, в основном для использования в качестве встроенной. Есть несколько таких, они менее мощные, чем Firebird, о может сгодиться. Ознакомиться с HSQLDB (бывшая Hypersonic SQL) - отностительно популярная, с отностительно хорошим SQL и тоже отностительно хорошей документацией. Хотя не знаю, в одном ли файле база - я не пользовался.