как я понял програмить вы ничего не собираетесь, а просто хотите развернуть горовый продукт на свой сервер, значит IDE т е NetBeans вам не нужен. Первое что вам нужно это jdk, его вы поставили. Вам уже посоветовали почитать доки к приложению которое вы хотите развернуть и узнать какие технологии в нем используются. Обычная конфигурация это: сервер/контейнер сервлетов (например Tomcat) + сервер приложений (например jBoss) + БД (поидее может быть любой, только еще нужно к ней драйвер JDBC найти). И все это нужно будет настроить по докам которые наверняка прложенны к вашей проге.