SAX Parser - перебирает все элементы XML и вызывает соответствующие методы. Позволяет обрабатывать большие объемы XML с минимальными затратами.
DOM Parser - строит в памяти DOM дерево всего документа, отъедая под этого дело достаточно много этой самой памяти. Удобен когда в документе нужно производить модификации (удалить\добавить ноды и пр.)
StAX Parser - аналог SAX, но с более удобным API - в SAX парсер как бы сам итерируется по нодам. В StAX можно контролировать этот процесс итерации, поэтому удобство использования почти такое же как в DOM.
Маршалинг\Сериализация нужны для представления ваших объектов в виде XML. Удобны при большом разнообразии этих самых объектов и в том случае когда нужно гонять данные в обе стороны.

Обратите внимание, что с XML стоит связываться только если у вас нет других альтернатив. XML формат не удобен ни для обработки ни для ручного использования.