Делаю так:
Создаю тестовое web-приложение, запускаю его (Run). Eсlipse в своём интерфейсе отображает страничку типа:
http://localhost:8080/Application/
В списке процессов вижу:

"C:\Program Files\Java\jdk1.7.0_80\bin\javaw.exe" "-Dcatalina.base=C:\master\prog\projects\.metadata\.plugins\org.eclipse.wst.s*rver.core\tmp0" "-Dcatalina.home=C:\master\tomcat" "-Dwtp.deploy= C:\master\prog\projects\.metadata\.plugins\org.eclipse.wst.server.core\tmp0\wtpwebapps " "-Djava.endorsed.dirs=C:\master\tomcat\endorsed" -Dfile.encoding=Cp1251 -classpath "C:\master\tomcat\bin\bootstrap.jar;C:\master\tomcat\bin\tomcat-juli.jar;C:\Program Files\Java\jdk1.7.0_80\lib\tools.jar" org.apache.catalina.startup.Bootstrap start

То есть, если я правильно понимаю - eclipse запускает экземпляр tomcat указывая временную папку с приложениемю

А можно ли "деплоить" (и если можно - отлаживать) приложения, подключаясь к уже работающему (как служба) Tomcat-у?