Изменения сделаны в java-исходнике, относящемся к зависимостям этого war-ника.
Скомпилированныq класс в wildfly находятся здесь:
авторC:\wildfly-9.0.1.Final\standalone\tmp\vfs\deployment\deploymentdfbf6906e98f62c6\crud-rest.jar-3264d4e616e94c1a\crud-rest.jar/ru\zcts\crud\AbstractResource.class
C:\wildfly-9.0.1.Final\standalone\tmp\vfs\temp\temp12ca060b5f293254\content-1420f7195c700bd3\WEB-INF\lib\crud-rest.jar/ru\zcts\crud\AbstractResource.class

По дате видно, что class-файлы обновились. Но в эклипсе под дебагом видно, что выполняется старый код: в n-й строке, где возникал определённый exception, сейчас стоит System.out.println(), но по-прежнему в этой строке возникает тот же exception.

war удалял, tmp чистил.

Так это эклипс чудит, оказывается. Я выполнил в папке с этим исходником git status и git не увидел изменений. Открыл исходник в Notepad++ и там этих изменений нет. То есть изменения сделанные в эклипсе, видны только в редакторе эклипса это что-то новое.

.project файл для eclipse создавался командой gradle eclipse c добавлением в build.gradle строки apply plugin: 'java'. Потом я эту строку удалил.

А, ну ещё я не все нужные исходники в eclipse импортировал и по этому кое-что подсвечивается, как ошибка. Я на это решил не обращать внимания - не из эклипса ведь компилирую и запускаю, а наверное зря.

Непонятно всё равно. Почему файл отредактированный в эклипсе не меняется?

mad_nazgulА где eclipse'овский проект лежит?
Может при импорте вы сказали, чтобы он скопировал проект в свой workspace.Проект и так в его workspace. Всё нормально, разобрался.