Пункты 1 и 2 - мешанина и частичная неправда.
На самом деле существуют:
1. JVM - виртуальная ява машина.
Умеет исполнять (не зависящий от платформы) байт-код. В процессе исполнения "по мере надобности" компилирует байт-код в (эффективный) машинный код конкретной платформы. Имеет встроенный сборщик мусора (обычно - несколько разных);
2. JLS - спецификация языка программирования, компиляторы которого создают байт-код;
3. Java SE API - стандартный набор программных API, реализованных в виде среды исполнения (JRE) или среды разработчика (JDK). Среда разработчика содержит среду исполнения плюс дополнительный инструментарий, позволяющий, например, "врукопашную" откомпилировать java-программу или "посмотреть" на различные детали работающих java-приложений.
4. Дополнительные API (JEE, Spring) и "каркасы" (framework's - тот же Spring);
5. Реализации различных концепций и конкретных продуктов. Например, Hibernate предоставляет реализацию ORM, а Tomcat или, скажем, Jetty - реализации сервлет-контейнеров.

Конкретно сервлеты являются частью "расширенной спецификации java" (JEE) и создавались как замена CGI-программ веб-серверов. Кроме этого существуют "серверные java-страницы" (JSP), которые (отчасти) можно рассматривать как "замену" PHP.
JS это JavaScript (aka ECMAScript), который связан с Java только частью названия.

В общем: http://docs.oracle.com/ и далее по ссылкам.