scymaksну просто Java архитектор ( по некоторым вакансиям ) я так понял он занимается еще и архитектурой базы. Здесь же наверняка есть Senior и архитекторы. Хотел чтобы они поделились советами. вот и всё. Вы считаете надо на Oracle ветке спросить?
Проектируете с полной нормализацией. Оптимизируете денормализацией. Изменения структуры трекаете в liquibase. Можно в Spring интегрироваться, сервер сам все апдейты базы развернет, очень удобно.
Рисуйте структуру в соответствующих инструментах - Visio, MySQL Workbench и т.п. Тогда дизайн будет наглядным и коменты расставить легко в сложных ассоциациях.
Колонкам и таблицам лучше давать внятные имена, чтобы не было вопросов "а что там хранится". Раньше была мода на сокращения, чтобы запросы проще писать. Сейчас куча SQL редакторов с автоподстановкой. Короткие имена делать нет смысла.