P: array [1 .. 100] of TsPanel;
  G: array [1 .. 100] of TsArcGauge;
....
....
var
  i, j, OldIndex: Integer;
begin
  for i := 1 to 100 do    //цикл
  begin
    if P[i] <> nil then          // только существующие панели
    begin
      for j := 1 to 100 do      //цикл
      begin
        if P[j] <> nil then     //  только существующие панели
        begin
          if G[i].Progress > G[j].Progress then  // если прогресс [i] больше чем прогресс [j]
          begin
            OldIndex := FlowPanel1.GetControlIndex(P[i]);  // берем его индекс
            FlowPanel1.SetControlIndex(P[i], OldIndex + 1);// и прибавляем +1
          end;

          if G[i].Progress < G[j].Progress then
          begin
            OldIndex := FlowPanel1.GetControlIndex(P[i]); //берем его индекс
          if OldIndex > 0 then
          begin
              FlowPanel1.SetControlIndex(P[i], OldIndex - 1);// и отнимаем -1
          end;

          end;
        end;
      end;
    end;
  end;
end;

  P: array [1 .. 100] of TsPanel;
  G: array [1 .. 100] of TsArcGauge;
  Arr: array [1 .. 100] of Integer; // временный массив в котором сортирую пузырьком
...
...
var
  i, j, tempValue, temp, Size: Integer;

begin
for i := 1 to 100 do // добавляю в массив значения прогрессбаров
  begin
    if P[i] <> nil then
    begin
      Arr[i] := G[i].Progress;
    end;
  end;
{===========================}
  Size := FlowPanel1.ControlCount; // определяю количество панелей на flowpanel. 
  for i := 1 to Size - 1 do// сортирую пузырём. 
  begin
    for j := 1 to Size - i do
    begin
      if Arr[j] > Arr[j + 1] then
      begin
        temp := Arr[j];
        Arr[j] := Arr[j + 1];
        Arr[j + 1] := temp;
      end;
    end;
  end;
{===========================}
  for i := 1 to Size do
  begin
    sMemo1.Lines.add(IntToStr(Arr[i])); // убеждаюсь в том, что массив отсортирован правильно
  end;
{===========================}
  for i := 1 to Size do 
  begin
    if P[i] <> nil then 
    begin
      for j := 1 to 100 do
      begin
        if P[j] <> nil then
        begin
          if G[j].Progress = Arr[i] then // если прогресс существующего прогрессбара совпадает со значением массива
          begin
            FlowPanel1.SetControlIndex(P[j], i); // присваиваю панели индекс i
          end;
        end;
      end;
    end;
  end;
end;

  for i := 1 to Size do 
  begin
    if P[i] <> nil then 
    begin
      for j := 1 to 100 do
      begin
        if P[j] <> nil then
        begin
          if G[j].Progress = Arr[i] then // если прогресс существующего прогрессбара совпадает со значением массива
          begin
            FlowPanel1.SetControlIndex(P[j], i); // присваиваю панели индекс i
          end;
        end;
      end;
    end;
  end;