Мочь-то может, но вот нужно ли это?
Как я понимаю, программа с ini уже работает, это просто и надежно.
Из минусов ini - приходится несколько извращаться что бы запихнуть в него многострочные или бинарные данные, но в этом случае вообще нужно подумать а надо ли их туда пихать.

В чем возникла проблема с ini-файлами?
Можно посмотреть пример вашего ini-файла?
Какой размер у файлов?

Мне имхуется что проблема или "проблема" легко решается и с ini-файлом.

Сорри, чьих недостатков? Win95 или ini-файлов?
Скопировать ini-файл это недостаточно продвинутый метод для бэкапа?

Хранить настройки в папке программы и в папке данных программы недостаточно круто, нужно разбросать все это еще и по реестру, и для переноса программы нужно будет не только копировать файлы но еще копать в реестре, и бог знает в каком месте...

С реестром никогда не работал, но имхо, у него всего 2 принципиальных преимущества перед ini и прочими файлами, как xml, json, yaml, etc...
1. относительно быстрый доступ на большом количестве данных
2. параллельный доступ для разных программ

ИМХО
Если не требуется ни первого ни второго - не нужно лезть в реестр.
Если можно решить задачу через ini/csv - не нужно лезть в xml

Не знаю на счет нативности, я так же использую TMemIniFile и премного им доволен.
Штатный и нативный TIniFile дюже тормозной, он похоже за каждым параметром лазит в файл отдельно.
У меня ini с настройками программы 83Кб, 3000 строк, лазить за каждым - получается медленно.

TMemIniFile этоу проблему превосходно решает, и то что он платформонезависим и является Pascal-only - вот это вот и есть плюс.



Простота парсера, простота понимания.
Можно прочитать нужную строку из гигантского csv читая построчно, без полного разбора дерева.

Если бы категорически критичным было наличие динамического дерева - тогда да, и с csv и с ini будут проблемы.
Но все мои псевдо-деревянные хотелки я прекрасно уложил в плоский вид.

Есть еще одно место где я совместил ini с csv - некоторые секции внутри содержат csv данные,
но не буду настаивать на том что это нормально :)

Зато мне не потребовалось тащить json/xml парсер ни в виде кода ни в виде dll и сохранена платформонезависимость, в этом месте.
Все что я делаю, делаю с прицелом запуска под wine.

Прочитать текстовый файл построчно - нет проблемы.

Собрать/разобрать строку формата csv - это встроено в TStringList;
Правда в D7 там есть косячок, связанный с пробелами или кавычками, пришлось кажется написать свой вариант.

А в куда это дело складывать - отдельный вопрос, зависящий от автора.

У меня вместо датасетов сделан собственный велосипед - гибрид датасета с динамическим массивом, но при этом не датасет :)
Я к нему добавил функцию читать и писать из/в csv и всё пучком.

Ну тогда тем более смысла использовать реестр мало :)