Тут вопрос не только программный, но и организационный. В маленькой фирме, где должность сетевого админитрирования и админитрирования БД выполняют одни и те же люди (а там как правило и сеть небольшая, и домен всего один) лучше использовать NT-аутентификацию. Действительно, к чему администратору двойную работу делать - проще один раз завести логин и пароль в одном месте.
Иное дело, когда фирма большая, базы данных тоже немаленькие а сеть разрослась имеет сложную структуру.
В таких фирмах сетевые администраторы и администраторы баз данных - это разные группы людей, функции которых очень мало пересекаются. В этом случае сетевые администраторы занимаются сетью и заводят сетевых пользователей (на уровне доменов), а администраторы БД -пользователей с помощью аутотификации SQL Server-а.

Впрочем, ходят слухи, что Microsoft якобы рекомендует переходить на NT-аутотификацию... Но я лично таких документов не видел, да и это было бы глупо. Пропагандировать решения, которые больше подходят для уровня рабочих групп и при этом утверждать, что MS SQL Server может быть СУБД корпоративного масштаба. Если кто видел такие рекомендации Microsoft - киньте ссылочку, я почитаю.