kutuzovПрограмма должна запоминать последний выбранный элемент из дерева.
для этого он записывается в ini файл (к примеру элемент с именем 4).
После повторного запуска программа читает файл конфигурации и выбирает элемент с именем 4.
Ага, а к следущему разу эдементов осталось уже три, или элемент переехал в другую ноду.
Дайте всем нодам однозначный идентификатор. Его и записывайте в файл. Прицепить к ноде можно через Tag или Data. После загрузки просто ищите ноду в дереве по идентификатору и говорите ей MakeVisible.