При настройке SQLite3 через sqlite3_config для выделения внутренней памяти ( т.е. не из памяти программы, использующей SQLite3 ) как будет выделяться память или почему это эффективнее, чем выделение памяти программы, использующей SQLite3?

White Owlsqlite3_config не может выделять память. Он может уточнить как память будет использоваться и как она будет запрашиваться.

К тому же, то что выделяет себе программа остается у программы, движку sqlite эта память уже будет не доступна вообще.

Выше написано: настроить SQLite3 через sqlite3_config, - не выделить.
Если использовать параметр SQLITE_CONFIG_HEAP для sqlite3_config, то "... This option specifies a static memory buffer that SQLite will use for all of its dynamic memory allocation needs beyond those provided for by SQLITE_CONFIG_SCRATCH and SQLITE_CONFIG_PAGECACHE. ... " ( источник ). Если по-русски, говорится, что будет выделен блок доп. памяти для SQLite3.
На счёт движка и "недоступности". По умолчанию, SQLite3 вызывает стандартные функции ОС для управления памятью ( malloc(), например ) и выделяет память из "кучи" программы.
Да, и пишите только, если в самом деле знаете что-то.