Попробовал сжать базу zip-ом, сжимается в 100 раз!
Может есть какие-нибудь настройки, чтобы БД не занимала так много места, пускай в ущерб скорости работы.
Ещё возникла идея, базу хранить всё время в архиве, а при доступе к ней на лету распаковывать/запаковывать.
Ведь есть же расширения типа sqlcipher для шифрования, может существует что-нибудь подобное для работы с базой из архива?

Спасибо за ответ, хотя под Linux этот вариант не пойдёт, но таким же способом подмены файловых функция можно самому воспользоваться.