Нет, параметров включающих-выключающих индексы нет.
Есть прагмы которые могут опосредованно влиять на оптимизатор. В первую очередь analysis_limit, который вместе со свободной памятью, размерами кэшей, и тд может дать как улучшение, так и ухудшение производительности. Трогать очень осторожно и настраивать на конкретную машину.
Подробнее про прагмы читать тут: https://www.sqlite.org/pragma.html


Ну в общем случае - да.
У тебя с самого начала может использоваться индекс на B(key). По таблице A индекс может включиться только при ограничении записей.

Запусти из своей программы и из Студии запрос

Сразу увидишь работает индекс или нет.

Можешь попробовать принудительно указать индекс

Здесь B_KEY это имя индекса B(key).
Но учти, это может серьезно ухудшить результат работы! Если у тебя при работе из Дельфи памяти (по мнению оптимизатора) не хватает для работы индекса, то он осознанно выкидывается из работы, поэтому при принудительном использовании - памяти станет еще меньше и все станет совсем печально.

Подробно здесь
https://www.sqlite.org/eqp.html#the_explain_query_plan_command
И там же, есть ссылка на подробный разбор оптимизатора.

Но не забудь что это все по свежайшей версии SQLite. А не по той которая внутри FireDac или имеющихся у тебя dll и студий.