RX200,

Не совсем понятно что ты хочешь.

Если у тебя программа создает базы данных, то скрипты создания баз можно хранить в самой программе как угодно и как привычно для той среды/языка на котором ты пишешь программу.

Если после создания базы она погуляла где-то на флешке, в нее напихали данных а теперь ты хочешь их прочитать - так это твоя оригинальная база, ты уже знаешь ее структуру. Просто подключаешь и читаешь.

Если тебе какие-то совершенно незнакомые люди дали флешку с базой - ты можешь узнать ее структуру читая sqlite_master, но после этого тебе (человеку) надо будет в любом случае посидеть и разобраться что там за структура и какое поле какую смысловую информацию хранит.
А если эти "незнакомые люди" дают тебе флешки с базами регулярно, то ты уже знаешь структуру этих баз - просто подключаешь и читаешь.

В описании чего???

Если у тебя данные приезжают от филиалов, и каждый файл имеет название типа "ТоварыНаСкладе.db", и все склады присылают только один этот файл...
То вполне нормально сделать внутри базы табличку которая будет описывать какой именно "склад" эта база содержит. Когда было последнее обновление на "складе" и кучу любой другой информации.

Если тебе впоследствии нужно хранить все эти файлы для отчетности, можешь вытягивать данные из этой информационной таблички в текстовый файл и класть его рядом с файлом БД. А потом либо файл информации и саму БД в зип/рар архив, либо по каталогам раскидывать.