Polar.....
И в чем проблема сделать это на сервере приложений?

....
Прекрасно все реализуется без никаких криков простыми запросами.

1.Вытащить все ID сотрудников, которые приходили на работу, из второй таблицы в коллекцию (это вообще не гигабайты памяти)
2.Проверить по первой таблице, что все сотрудники из отдела в коллекции сознательных работников.

1. Проблемма в том что 1 запросом вытаскивается ВСЕ данные из второй таблицы которые Вам нужны (а это не 2 строчки как может быть в финальном правильном селекте). Ну и хорошо если вы работаете с сотнями записей, а не в банках с мировым именем, и это сотрудники, а не проводки которых могут быть миллионы.

2.1 Проверить по первой таблице ... это либо будет запрос сложнее чем select * from table1 where ... (если делать сложным запросом то: Вы получеаете не маленькую коллекцию, грузите ее в память и только для того чтобы отправить ее опять на сервер).

2.2 Вам придеться тащить все данные из первой таблицы себе и делать подобие left join, что приводит к получению второй не маленькой коллекции в памяти и их объединение (что соответственно приводит к работе с 2 большими массивами инмемори, хотя финальный селект может вернуть 2 строчки).

ну и как итог:
1.больше времени на пересылку/вытаскивание больших(ненужных) объемов данных - увеличение времени работы процесса
2.отжерание памяти на севере приложений (Вам надо туда поместить 1-2 коллекции) - увеличение памяти для работы приложения