Что значит скопировать все НОМЫ в одну папку, скопировать все каталоги в один? это чистой воды садизм. Если перенести запуск всех экземпляров из одного HOME, то это уже вполне нормальное действие, но тебе не по плечу. Самый простой вариант определить из какого запускается твой основной экземпляр установить его первым в переменной PATH и все настройки проводить в нем, а на остальные пока забить, тем более если у тебя всего 2 экземпляра.

Эх, вот если бы все с этого ресурса мануалы читали, так проще бы всем стало, столько инфы: структурированной, под каждую версию и платформу, с примерами, со ссылками на подробности. Но все пытаются кусочками с кучи источников нахвататься. Все равно в итоге на docs.oracle приходится идти.

Мануал нужно читать весь. Чтобы знать что такое файл параметров и чем отличается pfile от spfile, как настраивется oracle net и прочее. Читать куски это когда ты уже все знаешь из документации но подзабыл синтаксис или название какое.

Экземпляр стартует из того HOME, из которого запускается экзешник oracle.exe, открываешь службу и смотришь откуда она запускается в управлении службами винды. если у тебя основной экземпляр XE, то он запускается из папки XE, она у тебя одна, тогда будем настраивать ее. Файл параметров находится в том же HOME откуда запускается бинарник. если используется pfile то он имеет вид initXE.ora, если spfile то spfileXE.ora. Но в них настраивать пока ничего не нужно.
Если ты решил переключиться на работу из SQLPLUS вместо ORADIM для запуска и останова(что правильно) тогда подключение через ОС аутентификацию нужно выполнять следующим образом:
во-первых либо указываешь полный путь к утилитам, либо делаешь нужный каталог активным, либо ставишь нужный HOME первым в переменной PATH,
во-вторых, в используемом HOME в файле sqlnet.ora в папке network\admin должно быть указано NTS (лучше вместе с NONE, иначе могут возникнуть проблемы при подключении через файл паролей),
в-третьих перед запуском SQLPLUS указываешь используемый тобой экземпляр - SID (даже если он у тебя один) командой SET ORACLE_SID=XE,
в-четвертых в том же командном окне где ты указывал SET запускаешь SQLPLUS и уже после этого даешь команду STARTUP, pfile указывать не нужно, пусть oracle ищет его сам, если не найдет это будет следующая информация от которой будем отталкиваться.

Тяжело идет процесс, когда человеку советуешь одно, он делает что-то другое, сделать хочет третье, а нужно четвертое.

Вот в каком месте я советовал в службы лезть? я сказал уточнить в службе откуда запускается, чтобы точно знать какой HOME настраивать.