Все нормально - этот алерт системный. Возникает в случае, когда надо сделать какую-либо очистку внутреннего буфера форм (строки, блока), но очищаемые данные были изменены. Часто возникает из-за глупости разработчиков, меняющих данные строк в триггерах (например, POST-QUERY), а потом удивляющихся появлению этого алерта. В designer скорее, всего есть такие самописанные триггеры. Но тут дело тонкое - надо в каждом случае разбираться отдельно - конференция мало, что даст. Подменить алерт, конечно можно (выдавать commit_form, например), но лучше исправить триггеры, неявно меняющие данные.

Неправда Ваша...

Надо посмотреть, как в Designer прописан вызов формы справочника. Там должно стоять open_form, как способ открытия и параметр session_mode надо поставить в session. Тогда открываемая форма справочника будет иметь свою сессию, и вызываемая форма не потребует ее тоже закоммитить. Если обе формы работают в одной сессии (по умолчанию), то commit_form в любой из них будет работать для всех открытых в этой сессии форм. Если способ вызова call_form, то все немного сложнее. Вызванная форма справочника не имеет права посылать commit_form, а только post, чтобы не развалить основную транзакцию всей сессии. Тут надо менять триггер on-commit в вызываемой форме. Как это делать - см. help.