Попробуй, удалить базы из списка 'Databases' и добавить их еще раз... Есть подозрение, что ты неправильно прописал конекты к ним (Host, Port, Sid). Да и не в коем случае, не использую пункт 'Add a database manually'! Используй второй пункт, он, этот пункт, берет информацию из tnsnames.ora. Если, ты не увидешь своих баз в списке, то следовательно их нет в tnsnames - пропиши базы (путь к нему показывается в названии второго пункта) и все должно заработать.