А чем вам не нравится асинхронная расширенная мастер-репликация на плохих каналах? По умолчанию для задания даётся 16 попыток передать отложенные тразакции. Период выполнения Job можно сделать оптимальный, что-бы не накапливалось много отложенных транзакций и не слишком часто запускалось задание. Подбирается на практике. Если job всё же встал после 16 попыток, то можно вручную запустить Job. После успешной перекачки он вновь перейдёт в автоматический режим.

"Но все же - если репликация усугубляется необходимостью обрабатывать, скажем, один и тот же документ по очереди в различных базах (например, заказ набран в базе А, и обрабатывается в базе В, принимается в С и возвращается в А в виде закрытой накладной). "

Придёться еще раз спросить. Чем тебя не устраивает master-репликация? Все базы в случае мастер-репликации абсолютно идеинтичные. Все изменения на одной базе отображаются на всех остальных.

": дело в том что документы ходят не только из центальной базы, но и из филиалов. Определить при мастер репликации - кто тут мастер, а где детали - задача в каждом случае своя, хотя тип документа тот же. "

Мне кажется ты плохо понимаешь что такое мастер-репликация. При мастер-репликации нет понятия мастер и детали. Если скажем у тебя 5 серверов в мастер-репликации - они все абсолютно равноправны. И информация везде идеинтична. Можешь обращаться к какой угодно базе откуда угодно - везде будет одна и тажа информация. Это всё равно, что база вообще только одна. Можешь себе представить, что у тебя есть еще несколько копий. Отличие будет только до тех пор пока отложенные транзакции не перетекут на остальные сервера. А вообще можно использовать двухфазный commit, который просто 100% гарантирует, что у тебя базы никогда не будут отличаться.
По-прежнему не могу понять в чём причина невозможности использования в твоём варианте?

И еще, если у тебя клиенты по всей стране или даже за пределами, то делается это совсем по-другому: Создаёшь всего одну базу, можешь ставить её в репликацию, можешь нет. Но в любом случае это нужно будет только для резервирования, на случай когда падает основная.
Потом пишешь Internet-проект, можно на Java, что проще.
Вся бизнес-логика работает только с одной рабочей базой.
Клиенты с мест работают не через специальные программы, а через обычный браузер и естественно не с базой, а с сервлетом, через Apache.
Эта технология для таких случаев как твой работает в России уже много лет.