Посмотри на тот же ERwin от Computer Associates:

http://support.ca.com/erwin_supp.html
http://www.interface.ru/fset.asp?Url=/ca/erwin.htm

у него есть возможность держать две схемы: логическую и физическую. В логической схеме можно описывать сущности в "мнемонически понятных" именах, ну а в физической хранить уже реальные имена таблиц, колонок и т.д.

Вообще-то имхо идти в обратном направлении- строить сперва логическую модель, а потом определять физическую. Я, к примеру, при помощи ERwin'овских макросов из логических имен получаю скрипт, в котором они указываются как комментарии к таблицам, колонкам. Очень удобно, избавляет от рутины и позволяет более-менее документировать объекты непосредственно в БД.