select count(*) from emp where deptno=10
union all
select empno from emp where deptno=10

не может такого быть чтоб к-во не совпадало, если в запросе не используются ф-ции

проблема не ораклячая

расписания часом не пересеклись?
мож формирование подвисло (sql*plus),а copy сработал по расписанию

если sql*plus, то spool off в файле есть?

имхо, искать надо не в оракле, а в ОС/сеть (закрытие файла, copy, ...)

.....
stax