ну, мне видятся два варианта,
либо действительно проблемы с записью опций процессинга, тогда надо проверить насчет прав на каталог данных и посмотреть чтобы была запущена служба удаленного доступа к реестру

либо проблемы с управлением памятью, сколько на что выделено, какой предел и т.д.
у меня эти настройки очень причудливо сказывались на работе сервера

Да даже и не знаю точно, все достигается эмпирически, у меня была возможность крутить эти настройки практически на боевом сервере, наиболее заметный эффект заключался в том, что при установке минимального объема оперативки(minimum allocated memory) в 640 мб, сервер стабильно повисал, причем это было замечено на двух машинах, одна однопроцессорная с 512 мб памяти и 2,4Ггц процом, а другая двухпроцессорный сервер с 1Гб оперативы и 2,7Ггц процессорами с hyperthreading. При всех дефолтных настройках сервер регулярно зависал на первой конфигурации, а сейчас стабильно работает на ней же при minimum allocated memory=448Мб и memory conservation threshold=1024mb, только стартует медленновато, но это уже некритично. вот такие у него странности, да, установлен MS AS 2000 sp3