Если в ошибках написано что-то наподобие: "невозможно записать в syscoment, потому что чего-то там не найдено", то эти сообщения не страшные. Скрипт должен целиком выполниться, даже если этих сообщений будет невероятно много. В sql2k, также как и в 7-ке, объект, ссылающийся на еще несуществующий, все равно будет создан, а его описание просто не будет добавлено в syscoment. На работе объекта это не скажется, лишь бы на момент первого его выполнения все объекты, от которых он зависит, уже существовали.
Если один и тот же скрипт запускать несколько раз, то таких сообщений будет все меньше и меньше, пока совсем не прекратяться, по очевидным причинам.