WITH
Выгрузка1 AS (
    SELECT
        ...
)
SELECT
	*
FROM
	Выгрузка4
ORDER BY
	[Город],
	[Клиент],
	[Регион ТТ],
	[Код ТТ],
	[Код привязанного ассортимента],
	[Тип общего SKU],
	[Общее SKU],
	[SKU]

...,
Выгрузка4 AS (
	SELECT
		Таб1.[Город],
		Таб1.[Клиент],
		Таб1.[Регион ТТ],		
		Таб1.[Код ТТ],		
		Таб1.[Торговая точка],		
		Таб1.[Адрес ТТ],
		Таб1.[Код привязанного ассортимента],
		Таб1.[Тип общего SKU],
		Таб1.[Общее SKU],
		Таб1.[SKU],
		Таб1.[Отгрузки шт],
		Таб1.[Новинка],
		Таб1.[Кол-во ТТ],
		Таб2.[Кол-во SKU в общем SKU],
		Таб2.[Кол-во отгрузок в общем SKU],
		Таб2.[Кол-во новинок в общем SKU],		
		(CASE
			WHEN Таб2.[Кол-во SKU в общем SKU] = 1 THEN
				(CASE
					WHEN Таб1.[Отгрузки шт] > 0 AND Таб1.[Новинка] = 'Да' THEN '' 
					WHEN Таб1.[Отгрузки шт] > 0 AND Таб1.[Новинка] = '' THEN '' 
					WHEN Таб1.[Отгрузки шт] = 0 AND Таб1.[Новинка] = 'Да' THEN 'Да' 
					WHEN Таб1.[Отгрузки шт] = 0 AND Таб1.[Новинка] = '' THEN ''
				ELSE
					''
				END) 
			WHEN Таб2.[Кол-во SKU в общем SKU] = 2 THEN
				(CASE
					WHEN Таб2.[Кол-во отгрузок в общем SKU]] = 1 AND Таб2.[Кол-во новинок в общем SKU] = 2 AND Таб1.[Отгрузки шт] = 0 THEN 'Да' 
					WHEN Таб2.[Кол-во отгрузок в общем SKU]] = 0 AND Таб2.[Кол-во новинок в общем SKU] = 2 THEN 'Да' 
					WHEN Таб2.[Кол-во отгрузок в общем SKU]] = 0 AND Таб2.[Кол-во новинок в общем SKU] = 1 AND Таб1.[Новинка] = 'Да' THEN 'Да' 
				ELSE
					''
				END)
		END) AS [Осталось отгрузить ТТ]
	FROM
		Выгрузка3 Таб1
	OUTER APPLY
		(SELECT
			[Код ТТ],
			[Код привязанного ассортимента],
			[Тип общего SKU]],
			[Общее SKU],
			COUNT([SKU]) AS [Кол-во SKU в общем SKU],
			SUM(CASE WHEN [Отгрузки шт] > 0 THEN 1 ELSE 0 END) AS [Кол-во отгрузок в общем SKU],
			SUM(CASE WHEN [Новинка] = 'Да' THEN 1 ELSE 0 END) AS [Кол-во новинок в общем SKU]			
		FROM
			Выгрузка3 Таб
		WHERE
			Таб1.[Код ТТ] = Таб.[Код ТТ] 
			AND
			Таб1.[Код привязанного ассортимента] = Таб.[Код привязанного ассортимента]
			AND
			Таб1.[Тип общего SKU] = Таб.[Тип общего SKU]
			AND
			Таб1.[Общее SKU] = Таб.[Общее SKU]
		GROUP BY
			[Код ТТ],
			[Код привязанного ассортимента],
			[Тип общего SKU],
			[Общее SKU]) Таб2
)

SELECT
	*
FROM
	Выгрузка4
ORDER BY
	[Город],
	[Клиент],
	[Регион ТТ],
	[Код ТТ],
	[Код привязанного ассортимента],
	[Тип общего SKU],
	[Общее SKU],
	[SKU]

WITH
Выгрузка1 AS (
    SELECT
        ...
)

Select * INTO #Выгрузка FROM Выгрузка4
CREATE /*CLUSTERED*/ INDEX i1 ON #Выгрузка([Город],[Клиент],[Регион ТТ],[Код ТТ],[Код привязанного ассортимента], [Тип общего SKU], [Общее SKU], [SKU]); 

SELECT
	*
FROM
	Выгрузка4
ORDER BY
	[Город],
	[Клиент],
	[Регион ТТ],
	[Код ТТ],
	[Код привязанного ассортимента],
	[Тип общего SKU],
	[Общее SKU],
	[SKU]