А почему кластерный индекс, он же PK, может быть хуже чем его отсутствие?

Плохо продумали кластерный индекс, в таблице было много вставок и удалений, он стал разреженным.
Это привело к тому что количество операций чтения из медленной памяти увеличилось пропорционально тому, насколько разрежен индекс.

Полностью согласен.
+ ещё если делать без понимания, то можно криво сделать кластерный индекс и он не будет давать прироста в производительности.
Например, сделали кластерный индекс по нескольким полям, а первый столбце кластеризованного индекса в запросе не указали или указали криво - считайте, что никакого индекса в этом случае у вас нет.

Есть ещё одна частая ошибка при работе с индексами.
Например, индекс по полю "День_рождения" типа datetime, а в запросе сделали так: YEAR(День_рождения) - в этом случае индекс тоже не будет использоваться (практически во всех случаях применение функции поверх поля с индексом убирает использование индекса в плане запроса. Есть конечно исключения, но о них долго рассказывать).