-- Тестовые данные
DECLARE @t AS TABLE
                    ([Флора] VARCHAR(10) NOT NULL
                   , [Вид]   VARCHAR(10) NOT NULL
                   , [Дата]  DATETIME2(7) NOT NULL
                    );
INSERT INTO @t
                    ([Флора] 
                   , [Вид]   
                   , [Дата]  
                    )
SELECT 'Деревья',  'Березы', '20200210 18:54:00.0000000' UNION ALL
SELECT 'Деревья',  'Ель', '20200210 07:16:00.0000000' UNION ALL
SELECT 'Деревья',  'Ель', '20200210 07:18:00.0000001' UNION ALL
SELECT 'Деревья',  'Ель', '20200210 07:19:00.0000002' UNION ALL
SELECT 'Деревья',  'Сосна', '20200209 14:50:00.0000000' UNION ALL
SELECT 'Деревья',  'Сосна', '20200210 14:00:00.0000001' UNION ALL
SELECT 'Деревья',  'Тополь', '20200208 02:02:00.0000000' UNION ALL
SELECT 'Травы', 'Лопух', '20200210 11:52:00.0000000' UNION ALL
SELECT 'Травы', 'Мята', '20200209 11:32:00.0000000' UNION ALL
SELECT 'Цветы', 'Пионы', '20200210 05:05:00.0000000' UNION ALL
SELECT 'Цветы', 'Пионы', '20200208 06:01:00.0000001' UNION ALL
SELECT 'Цветы', 'Розы', '20200209 11:53:00.0000000' UNION ALL
SELECT 'Цветы', 'Герберы', '20200209 12:59:00.0000001' UNION ALL
SELECT 'Цветы', 'Ромашки', '20200208 13:26:00.0000000' UNION ALL
SELECT 'Цветы', 'Герберы', '20200208 11:59:00.0000000' UNION ALL
SELECT 'Цветы', 'Герберы', '20200208 10:59:00.0000002'

-- Решение
SELECT 
       t.[Флора]
     , t.[Вид]
     , COUNT(CASE WHEN CONVERT(DATE,  t.[Дата]) = CONVERT(DATE, GETDATE()) THEN t.[Дата] END) AS [Сегодня]
     , COUNT(CASE WHEN CONVERT(DATE,  t.[Дата]) = DATEADD(DAY, -1, CONVERT(DATE,  GETDATE())) THEN t.[Дата] END) AS [Вчера]
     , COUNT(CASE WHEN CONVERT(DATE,  t.[Дата]) = DATEADD(DAY, -2, CONVERT(DATE,  GETDATE())) THEN t.[Дата] END) AS [Позавчера]
FROM 
     @t AS t
GROUP BY
       t.[Флора]
     , t.[Вид]
ORDER BY
       t.[Флора]
     , t.[Вид]; 	; 

Флора      Вид        Сегодня     Вчера       Позавчера
---------- ---------- ----------- ----------- -----------
Деревья    Березы     1           0           0
Деревья    Ель        3           0           0
Деревья    Сосна      1           1           0
Деревья    Тополь     0           0           1
Травы      Лопух      1           0           0
Травы      Мята       0           1           0
Цветы      Герберы    0           1           2
Цветы      Пионы      1           0           1
Цветы      Розы       0           1           0
Цветы      Ромашки    0           0           1