Веселее будет, когда все файлы будут содержать, например, element-centric разметку, а в появившемся новом разметка будет attribute-centric, или наоборот. Или новый элемент будет сложным типом с последовательностью внутри.
Так-то чисто теоретически можно из каждого XML заинферрить схему (на да, на 14 миллионах это будет долгая операция), но вот как потом эти схемы сравнивать? Например, для одного и того же числового атрибута/элемента в зависимости от совокупности значений в одном отдельно взятом документе может быть выведен и xs:short, и xs:integer, и xs:long - практически любой числовой тип. Как угадать, какой должен быть на самом деле? Ставить xs:decimal на все случаи жизни? С какой точностью его прописывать для таблицы? И таких нюансов может быть очень много.