Похоже что автор совсем не знаком с трехзвенной архитектурой и ее реализации в Java.

А теперь по порядку:

1. Производительность:
1.1. Какого бы вы маленького размера бы не запускали код на WebSphere все равно вы получите огромные накладные расходы по оперативной памяти, процессору и т.д. так как сам WS занимает и пожирает немало, но он сделан не для того, чтобы на него переносили хранимки;
1.2. Ваш вопрос сравним со следующим вопросом: А если реализовать одну и ту же логику на ассемблере и допустим на C++, какой из этих кодов будет работать быстрее? Ответ очевиден я так полагаю?
1.3. Если бы у WS было все печально с производительностью и масштабируемостью, то она бы не стала самым популярным коммерческим сервером приложений;
1.4. Если учесть что проектирование и разработка приложений делается совершенно по разному в случае с WS и "хранимками", то сравнивать производительность ТАКИМ образом не совсем корректно.

2. Возможности администратора:
2.1. У WS потрясающие возможности по администрированию и аудиту, но они лишь частично пересекаются с тем что вы перечислили, так как механизм работы приложений в J2EE несколько иной;
2.2. Как и любая Enterprise система WS умеет журналировать ВСЕ или то что нужно.

3. Администрировать удобно, но нужно очень хорошо разбираться в J2EE иначе все это администрировании покажется тебе филькиной грамотой.

4. WS это EE система, причем как было сказано выше, одна из самых популярных. Как ты думаешь она достаточно для тебя надежна?

5. Основная проблема эксплуатации - это недостаточная образованность того, кто будет ее сопровождать. На счет ресурсов... как и любая J2EE система требует достаточно много ресурсов, чтобы запустить даже самый маленький код, но прирост потребления ресурсов при запуске достаточно крупного приложения зависит от радиуса кривизны рук разработчиков приложения и администратора WS.

5-лет назад JavaEE только зарождалось, да и JavaSE не очень надежно работало на всем кроме того на что было SUN JVM. Oracle так вообще до сих порт запускает свои приложения идущие с СУБД с ключем который отключает использование JIT.

Сейчас ситуация другая. Я бы на вашем месте ориентировался на покупаемость/популярность того или иного решения. Найдите, например, в инете рейтинги популярности или объемы продаж того или иного решения. Что-то кстати встречалось на http://www.jboss.org