ПрофессорВ DB2 все такие действа крайне неудобны.
Но можно сделать так, при условии что таблиц не очень много и они не слишком большие.

1.Сгенерить скрипт для создания таблицы на другом сервере.
2. Выгрузить таблицу в файл.
3. Убрать все ненужные записи.
4. Загрузить все нужные записи во вновь соданную таблицу.
5. Добавить записи в результирующую таблицу.

Только вот как быть со всякими ссылками ....если они есть...

2 и 3 легко объединяются (укажите WHERE в select-statement). export
4 и 5, пожалуй, тоже. Напр., если нужно только добавить несуществующие записи, а не апдейтить имеющиеся, то IMPORT ... INSERT, если проапдейтить, то IMPORT ... INSERT_UPDATE import .

Federated, да, самое приятное, хотя для больших объёмов может быть не самое быстрое.
insert into local_xxx
select * from remote_xxx
where not exists (...)

(или MERGE)

Вопрос в том, насколько быстро будет отрабатывать этот самый not exist. Ну, опыт покажет.