Не совсем ясна задача.
Как пример. Есть БД, с которой работают несколько приложений, Т.к. они логически связаны, зависимы, и одно, зависит от другого.

В то же время, этих БД, как и приложений много, т.к. с ними работают разные организации.

Если вопрос по первому случаю, то тут много путей. Можно объединить, таблицы, и поручить контроль целостности и каких то общих БП - СУБД. А можно и разные БД. Лично я и так и так делал. И что лучше, ответа нет. Все зависит от конкретики

Из описаний, не видно разных видов деятельности.
Вы не поверите, бухи в одном приложении, и платят, т получают, и счета выписывают)

Реализация разных БП, в одном приложении, единственно верный ход.

Ну или застрелиться)

Все же не понятно. Что и как у вас.
Вот примеры:
1. Есть ПО телефонный справочник внутренних телефонов.
Оно одно, но БД на каждом предприятии одна.
Ясно, что тут 1 приложение, работаете с разными БД.

2. Есть ПО которое ведет учет кадров, ну что оно там делает, кроме справочника Сотрудников, не могу придумать)))
Так вот, это ПО, соединить с тел справочником, в одну БД, вполне логично.
Хотя бы сотрудники одни и те же.

У вас какой то 3й случай.
Скажем у меня 2 области, реализация и поставки.
По логике очень похожи, и справочники во многом совпадают, но отнюдь не все.
И как я тока это не пробовал. И вместе (у справочника флаг ставил к какой области, или общий)

В конце концов поделили БД.
На мой взгляд, написать - это 10% важнее, быстро найти и исправить косяк.

Посмотрите, что вам легче сопровождать... и подумайте, вспомните ли об этом через 5 лет)